AviUtlとは、AVIファイルに各種フィルタをかけるツールです。簡単な編集や各種codecを使って圧縮しながら出力することも出来ます。Win98、Win2000用です。MMXが使えるCPUが必要です。（引用）
バッチ出力で２パス変換ができます。再圧縮なしの切り出しや結合も可能。

ここで公開されているプラグイン「 DirectShow File Reader プラグイン for AviUtl」はぜひ入れておきたい。
DirectShow入力プラグインで、メディアプレーヤーで再生できるファイルならば読み込みが可能になる。

ウィンドウズの標準のMP3コーデックでは56kbpsまでしか使えません。
このフリーのMP3コーデックをインストールすれば、最大で392kbpsのビットレートでエンコード出来ます。

インストール方法
「LAME 3.97 Release ACM codec」のDownload (186kB)をクリックしてダウンロード。
ファイルを解凍すると、「LameACM.inf」というファイルが生成されます。
インストールは、「LameACM.inf」を右クリック、「インストール」を選択してください。

映像にvp6、音声にmp3を使用してFLV形式のファイルを出力する方法を説明します。

映像に使うOn2vp6コーデックですが、FLVで採用されている形式は過去のバージョンでＯｎ２の公式サイトでは現在は配布されていません。
二次配布を行っているサイトを探してダウンロードする必要があります。

VP6 VFW Codec 6.2.6.0　などのキーワードで検索して下さい。

次にプラグインの入手です。

まるも製作所 - AviUtl プラグイン
FLV (VP6/MP3) 出力 の「flv-0.2.3.lzh」をダウンロードして下さい。
http://www.marumo.ne.jp/auf/

解凍して生成されたファイルの中にある「flv.auo」というファイルをAviUtl.exe と同じフォルダに入れればインストールは完了です。

メニューバー　→　ファイル　→　プラグイン出力　→　FLV　で出力できます。

バッチ処理しなくても２パス処理出来ます。
音声変換でエラーが出る場合は、音声を一度WAV出力してから音声読み込みをすればエラーは回避できると思います。

圧縮プログラムは「VP62」を選択しましょう。

「VP60」で作成したファイルは、FLVスプリッターをインストールして、普通のメディアプレイヤーで再生する場合、正常に再生されません。どうもFLVスプリッターにバグがあるようです。
普通のメディアプレイヤーでの再生を考えているなら「VP60」は使わないほうがいいです。

プラグインを追加する事でWMV形式のファイルを出力できます。
プラグインの入手先
　Windows Media Output Plugin for Aviutl
　http://www.tatari-sakamoto.jp/aviutl.jis.html#wmvout

最新のバージョンの「binary download」をクリックしてファイルをダウンロードしてください。
解凍すると「wmv_output.auo」というファイルが生成されます。
このファイルをAviUtl.exe と同じフォルダに入れればインストールは完了です。

メニューバー　→　ファイル　→　プラグイン出力　→　WMV出力　で出力出来ます。

読み込んだMP４ファイルをカットしてMP４出力するプラグインがあります。

以下のファイルを入手してください。

seraphyのプログラム公開所
http://seraphy.fam.cx/~seraphy/pg_mod.html
MP4Pluginのリンクから日付の新しい「MP4Plugin_〜.rar」をダウンロードしてください。

解凍すると以下のファイルが生成されます。
mp4input.aui
mp4export.auf
readme.txt
License.txt
gpl.txt

必要なのは「mp4input.aui」、「mp4export.auf」の２つです。
このファイルをAviUtl.exe と同じフォルダに入て下さい。

※MP４ファイルの読み込みに必要な 「mp4input.aui」を使用するにはVisual C 2008のランタイムが必要です。
ランタイムがないとAviUtlが「mp4input.aui」を認識しません。

ランタイムはマイクロソフトからダウンロードしてください。

http://www.microsoft.com/downloads/results.aspx?pocId=&freetext=Visual%20C%202008&DisplayLang=ja

MP4を読み込めるプラグインに「DirectShow File Reader」があります。
こちらを使っている場合は、環境設定の「入力プラグイン優先度の設定」で「MP4 File Reader」より下の優先度にしてください。
「DirectShow File Reader」では全フレームがキーフレームと表示され、キーフレームの判別出来ません。

このプラグインを使う場合、開始点はキーフレームでなければなりません。キーフレーム以外では警告が出ます。

MP4ファイルを出力するには
メニューバー　→　ファイル　→　エクスポート　→　「MP4 Export」をクリックしてください

入力ファイルがVFR MP4ファイルだった場合、音ずれする事があるそうです。
詳しくは「readme.txt」を詠んでください。